Quarant’anni di dibattimento tra storici ed accademici, in un luogo esclusivo ed inaccessibile all’interno della Galleria Nazionale d'Arte Antica di Palazzo Barberini, dove la tela è stata sottosposta ad un lungo e faticoso lavoro di restauro. L’opera fu ritrovata dal prof. Maurizio Marini nel 1967 a Palestrina nel Convento dei Padri Carmelitani, che insieme ad un gruppo di ricerca, individuò nel soggetto raffigurato, San Gennaro, “per la presenza di una nuvola di vapore” chiara allusione alla solfatura di Pozzuoli dove avvenne il martirio del protettore della Campania. Successivamente la tela fu analizzata da Maurizio Calvesi che, come si legge in un documento a noi pervenuto, scrive che  "il presunto San Gennaro è più probabilmente Sant'Agapito, protettore...

di Palestrina. E' possibile che il Caravaggio (magari nella ricorrenza dell'onomastico del principino (si allude ad Agapito, figlio di Francesco Colonna) abbia dipinto Sani 'Agapito decollato nei feudi dei Colonna" e "i committenti potrebbero identificarsi negli stessi principi Colonna, signori del feudo prenestino. Il cardinale Ascanio è, infatti, vescovo di Palestrina fino al 1608 e il figlio dell'allora principe della città, Francesco Colonna, reca il nome di Agapito (chiaro omaggio al patrono, il cui martirio avviene per decapitazione, quando ha quindici anni d'età, il 18 agosto 274)". E' noto poi che, dopo il vescovo Ascanio, ressero la diocesi il card. Benedetto Giustiniani (1612-1615) e Francesco Maria Bourbon Del Monte (1615-1621) anche loro in stretto rapporto col Caravaggio. Per questo contributo di elementi storico-artistici, il Ministero dell'Interno ha ritenuto plausibile la tesi del Calvesi, come da lettera del 27/11/2007 e successiva, dando il via libera al trasferimento definitivo a Palestrina, nel Museo di Arte Sacra della Diocesi. Il Museo che annovera nel proprio patrimonio l'Eolo di Michelangelo, ha rinnovato totalmente il suo percorso museale attraverso un nuovo allestimento ed una nuova riqualificazione degli spazi interni. Accogliere nuovamente, e definitivamente, un'opera che nasce, verosimilmente, per rappresentare il martirio del Sant'Agapito, cui la comunità prenestina volge da sempre la sua devozione è, al contempo, operazione culturale, per il valore artistico e storico dell'opera ma, altresì, di considerevole valore religioso.

"I dipinti del Caravaggio incantano e sconcertano, vanno dritti alla sconvolgente vita stessa senza la mediazione di alcuna intelligenza formale. Egli è un artista che si è divincolato da schemi rappresentativi ormai prigionieri di ideologie che lasciavano fuori il pulsare della vita. La sua attenzione al reale, che getta in faccia senza pietà la vita e questo suo soggettivo modo di vedere, mettono a nudo la nostra psiche. L'irrompere della realtà nell'arte religiosa dava fastidio al mondo pietistico del tempo, ma era in grado di ridare a spiriti liberi il senso del vero contatto con Dio, dello sconvolgente cambiamento che la presenza di Dio provoca nella vita umana.
Il museo diocesano di Palestrina è orgoglioso di avere questa opera e farà di tutto per renderla fruibile alla contemplazione estatica, alle emozioni e alla vita spirituale." Dalle parole del Vescovo di Palestrina, Monsignor Domenico Sigalini, si sente, viva, la partecipazione che il ritorno di tale importante opera desta nel cuore della comunità.